3.增值税起征点偏低，小规模纳税人的税负重于一般纳税人，不符合税收公平的原则，也限制了小企业的发展。由于小规模纳税人征收率偏高，不能使用增值税专用发票等原因，使其税负偏高。根据测算只有当小规模纳税人的增值率分别为35.3%（工业）或23.5%（商业）时，一般纳税人与小规模纳税人的税负相同，当增值率低于35.3%或23.5%时，小规模纳税人税负重于一般纳税人。而国际上公认的增值率为20%左右。在我国现阶段，由于商品流通方式和经营核算方式的不断变化，一些小规模企业特别是一些小型商业企业，其毛利率更是呈不断下降趋势，据估算大约在15%-20%之间。因此，起征点偏低，小规模纳税人的税负明显重于一般纳税人。其负效应是明显的：一是对只能满足最低生活需求的较低的收入征税，不能体现国家对社会弱势群体的关怀照顾，也不利于社会收入的公平分配。二是随着我国企业制度、就业制度、人事制度改革的推进，下岗失业已成为经济生活中的常见现象。而小企业是解决就业，安置下岗失业人员的主要渠道，国家也鼓励下岗失业职工自谋职业或从事个体经营实现再就业，而过低的起征点，过高的税负，限制了小企业的发展，不利于下岗失业者的安置就业，不利于经济稳定和社会稳定，也影响到当前积极财政政策实施的效果。
4.小规模纳税人税负过重，客观上造成“松”的税收征管，以及纳税人偷税严重，管理难度大等问题，弱化了税法的严肃性。西方税收理论认为高税率就是鼓励偷税。从当前的税收征管中看，小规模纳税人的征收率较高，但在实际征收过程中，实际税率与名义税率差距较大，特别是各类商品市场，征收率虽然较高，但计税依据——销售额一般定得都较低，纳税人的实际负担率并不高，有的实际税收负担率还不到1%.之所以会出现这种情况，是因为目前商品批发市场由于经营业户集中，价格竞争十分激烈，毛利率一般是3%-5%，有的甚至1%-2%.如浙江义乌小商品城、绍兴中国轻纺城等大宗批发业务，平均毛利率有时只有百分之零点几，按一般纳税人17%的税率征税，税负为销售额的0.51%-0.85%，与目前的实际税负基本吻合；如按小规模纳税人4%的“征收率”征税，则大部分经营户将亏损关门。这样将销售额定低，征纳双方都可以接受。有的则是纳税人隐瞒收入、采取少报销售额等来减轻税收负担。无论是“默许”少报销售额、还是隐瞒销售额，都破坏了税法的严肃性。
